Bất chấp cảnh bảo từ các nhóm quân sự và thân Marcos khác, Ninoy Aquino quyết tâm trở về Philippines. Đương thời, hộ chiếu của Ninoy đã hết hạn và việc thay mới bị bác bỏ. Ninoy do đó lấy một hộ chiếu giả với giúp đỡ từ Rashid Lucman,[27] là người sáng lập Phong trào Giải phóng Bangsamoro, đào tạo khoảng 30.000 quân du kích Bangsamoro và cử 90 quân du kích đến Malaysia để đào tạo chiến tranh du kích dưới trướng Quân đội Malaysia và Trung đoàn Gurkha.[28]

Ngày 21 tháng 8 năm 1983, sau ba năm sống lưu vong tại Hoa Kỳ, Aquino bị ám sát sau khi xuống một chuyến bay thương mại của Đài Loan tại Sân bay quốc tế Manila.[29] Vụ ám sát gây sửng sốt và xúc phạm nhiều người Philippines, hầu hết họ mất tin tưởng vào chính phủ Marcos. Sự kiện khiến gia tăng nghi ngờ đối với chính phủ, khiến quần chúng bất hợp tác và cuối cùng dẫn đến bất phục tùng dân sự hoàn toàn.[30] Nó cũng làm náo động chính phủ Marcos, vốn dĩ khi đó suy yếu một phần do sức khỏe Marcos yếu đi và cuối cùng mắc bệnh hiểm nghèo.

Sự kiện ám sát Ninoy Aquino khiến kinh tế Philippines càng xấu đi, chính phủ chìm sâu trong nợ. Đến cuối năm 1983, Philippines trong tình trạng suy thoái kinh tế, giảm 6.8%.[31]

Năm 1984, Marcos bổ nhiệm một ủy ban do Chánh án Enrique Fernando đứng đầu để tiến hành điều tra về sự kiện ám sát Aquino. Bất chấp kết luận của ủy ban, Tổng giám mục Manila là Jaime Sin bác bỏ một đề xuất tham gia ủy ban và bác bỏ quan điểm của chính phủ về sự kiện ám sát.

Pablo Martinez là một trong các phần tử bị kết tội trong sự kiện ám sát Ninoy Aquino Jr. thú nhận rằng người thân của Ninoy Aquino Jr. là Danding Cojuangco, họ hàng của vợ ông Corazon Cojuangco Aquino, là người ra lệnh ám sát Ninoy Aquino Jr. trong khi Marcos đang hồi phục sau khi cấy ghép thận.[32]